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如果企业的注册地址和实际经营地址不一致，且情况属实，那么税务机关会采取一系列措施来处理这种情况。具体措施可能包括以下几点。
1、核实情况：税务机关会首先核实企业的注册地址与实际经营地址是否确实不符，以及了解不符的原因。
2、通知企业：一旦核实情况属实，税务机关会通知企业负责人或法定代表人，告知其需要解决地址不符的问题。
3、责令改正：对于注册地址和实际经营地址不实的企业，税务机关会责令企业在一定期限内改正，并要求企业提供正确的经营地址。
4、处罚：如果企业在规定期限内未能改正或者存在其他违法行为，税务机关会根据相关法律规定进行处罚，包括罚款等。
5、纳入信用管理：对于企业的违法行为，税务机关还会将其纳入企业的信用管理，影响企业的信用评级和未来发展。
如果企业变更经营地址后没有及时进行工商变更登记，也是不合法的，在这种情况下，税务机关也会要求企业及时办理变更登记手续，如果企业拒不办理变更登记手续，同样会受到相应的处罚。
企业需要确保注册地址和实际经营地址的一致性，并及时办理相关变更手续，如果遇到相关问题，建议咨询专业税务人员或法律顾问的意见。